实际上你可以使用NGEN和clickone，但你需要在clickonce安装完成后运行NGEN，因为NGEN是.NET安装的一部分（对于3.5，你应该参考2.0安装）。

这里有一个例子，我认为它足够通用，可以在不更改或仅作极小修改代码（除调用表格之外）的情况下使用：

static class Program
{
    /// <summary>
    /// The main entry point for the application.
    /// </summary>
    [STAThread]
    static void Main()
    {
        if (ApplicationDeployment.IsNetworkDeployed && ApplicationDeployment.CurrentDeployment.IsFirstRun)
        {

            string appPath = Application.StartupPath;
            string winPath = Environment.GetEnvironmentVariable("WINDIR");

            Process proc = new Process();
            System.IO.Directory.SetCurrentDirectory(appPath);

            proc.EnableRaisingEvents = false;
            proc.StartInfo.CreateNoWindow = false;
            proc.StartInfo.WindowStyle = ProcessWindowStyle.Hidden;

            proc.StartInfo.FileName = winPath + @"Microsoft.NETFrameworkv2.0.50727
gen.exe";
            proc.StartInfo.Arguments = "uninstall " + Application.ProductName + " /nologo /silent";

            proc.Start();
            proc.WaitForExit();

            proc.StartInfo.FileName = winPath + @"Microsoft.NETFrameworkv2.0.50727
gen.exe";
            proc.StartInfo.Arguments = "install " + Application.ProductName + " /nologo /silent";

            proc.Start();
            proc.WaitForExit();

        }

        Application.EnableVisualStyles();
        Application.SetCompatibleTextRenderingDefault(false);
        Application.Run(new Form1());
    }
}

不可以。请查看http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/clr/thread/a41b62c5-bdee-4bd5-9811-15a35c4a4add/。你需要为此创建一个常规安装程序文件。