Question

我试图为两份投入文件进行一系列指挥,但如果已经这样做,我想避免这样做。为了更加清楚,这些是我指挥的:

from subprocess import call
import os.path

pathway = raw_input("Please give the pathway of your Genome Folder ( .fa files): ")
genome= raw_input("Please type your genome name (e.g. chick_build2.1):" )
#Building a genome (.stidx for stampy)
cmd = "python /space/tierzucht/mgholami/stampy-1.0.13/stampy.py -G %s %s/*.fa" %(genome, pathway)
#Building a genome (.fa for BWA)
cmd = "cat %s/*.fa > %s.fa" %(pathway, genome)
#Building an index (for BWA)
cmd = "bwa index %s.fa " %(genome)
call(cmd, shell=True)

而且,我想做的是,如果每个指挥机关面前摆着,如果档案已经存在,就没有指挥。我试图这样做,但却没有工作:

if os.path.isfile("%s.stidx") %genome == False:
  cmd = "python /space/tierzucht/mgholami/stampy-1.0.13/stampy.py -G %s %s/*.fa" %(genome, pathway)

我试图做的是检查所选档案名称的stidx格式是否已经存在! 我还想以fa格式和其他几种格式来做。

Answer 1

Try:

if not os.path.isfile("%s.stidx"%genome):
  cmd = "python /space/tierzucht/mgholami/stampy-1.0.13/stampy.py -G %s %s/*.fa" %(genome, pathway)

在您的原法典中,教区被错误地取代(%<>>>>> /代码被解释为其余运营商,因此,口译人员没有抱怨有yn误。

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