Question

如果我的问题不明确的话,请与我一起谈谈我。

a. 具有<代码>数据。

1.protein_name, 2.protein_FC, 3.protein_pval, 4.mfar_FC, 5.mfar_pval and 6.freq.

我试图用X=log2(protein_FC)和N=log10(protein_pval)策划火山。然后,将狗的大小绘制成fr和颜色,以至RNA。这是所有工作罚款,这里是我使用的法典:

ggplot( protein [ which ( protein$freq <= 0.05 ),] , aes( x = log2( protein_FC ) ,
       y = -log10 ( protein_pval ) , size = freq , colour = mRNA_FC , 
       label = paste(protein_name,",",mRNA_pval), alpha=1/1000)) + 
  geom_point() + geom_text( hjust = 0 , vjust = 0 , colour = "black" , size = 2.5 ) + 
  geom_abline( intercept = 1.3 , slope = 0) + 
  scale_colour_gradient(limits=c(-3,3))

直到此为止。但是,由于试验的性质,其数据在mfar_FC = 0上相当密集。当时,假冒的彩色计划在区别不同点方面非常适用。

我利用<代码>low=“colour1”和high=“colour2”,尝试了各种彩色比额表。然而,我认为,最好在<条码>mfar_FC的幅度范围内使用多种彩票,即像样。 Blue to White for -3<mfar<-0.2, Red to White for -0.2<mfar_FC<0, Green to White for 0<mfar_FC<0.2;mfar_FC<3。

但我无意找到这样做的任何方法。

Any help would be appreciated. Cheers!

Answer 1

您希望使用<条码>>标准_gradientn>。例如:

library(ggplot2)

x = seq(-0.1, 0.1, len=100)
y = 0:10
dat = expand.grid(x=x, y=y)

ggplot(data=dat, aes(x=x, y=y, fill=x)) +
  geom_raster() +
  scale_fill_gradientn(colours=c( red ,  yellow ,  cyan ,  blue ),
    values   = c(-0.05,-1e-32,1e-32,0.05),
    breaks   = c(-0.05,-0.005,0.005,0.05),
    rescaler = function(x,...) x,
    oob      = identity)

“enterography

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